Após mexer em várias coisas e várias reinicializações, os ícones ausentes reapareceram. Eu acho que descobri o que aconteceu. Eu tinha esquecido que fiz o seguinte (não tenho certeza se é tudo relevante):
sudo add-apt-repository ppa:jconti/gnome3
sudo apt-get update
sudo apt-get install indicator-applet-complete
sudo reboot
Eu acho que isso resolve o meu problema, exceto que ainda seria bom poder acessar o menu "Adicionar ao Painel". Como eu disse acima, os cliques especiais ainda não funcionam.