Seu script não contém nenhum comando para definir o diretório atual, portanto ele é executado no mesmo diretório do processo que o invocou. Quando executado a partir de rc.local , executado a partir de init , o diretório atual é o diretório raiz / .
Adicione cd /direc/tory/ ao seu script. A propósito, note que é #!/bin/sh ( #!bin/sh funciona aqui apenas porque você está executando seu script a partir do diretório raiz; é uma péssima idéia confiar nisso.)
#!/bin/sh
set -e
cd /direc/tory
wget "http://somesite.org/someJava.jar" -O someJavaFile.jar
java -d64 -Xincgc -Xmx512M -jar someJavaFile.jar
Também adicionei set -e no script. Isso faz com que pare se um dos comandos falhar. Por exemplo, se wget não puder fazer o download do jar, então java não será executado.