O seu drive USB está infectado por algum tipo de malware? Seu problema parece ser um sinal de um malware escondendo seus arquivos de forma automática e maliciosa. A melhor maneira de verificar isso é tentar listar os arquivos no Prompt de Comando (suponha que a letra da unidade seja E):
E:
CD \
DIR /A \
attrib /L
Você vê arquivos com atributos ocultos? Ou você vê algum tipo de arquivo YourFolderName.exe por aí? Se for esse o caso, você deve excluí-lo e ter toda a sua varredura de vírus em primeiro lugar.
(Não pretendo fazer propaganda própria, mas escrevi o script usb_vaccine quando tenho muitos desses problemas com outros amigos. Drives USB.)