Você pode fazer isso particionando seu drive USB.
A estrutura que armazena todos os seus arquivos em um disco é chamada de sistema de arquivos e nada impede que você coloque mais de um em um único disco físico.
Eu só faço isso no Linux usando GParted, mas eu encontrei uma alternativa do Windows aqui: link
Tenha o cuidado de fazer o backup dos arquivos com antecedência e verifique se você está editando o dispositivo correto.
Encolha a grande partição na sua unidade USB a partir da direita, criando um espaço vazio no disco.
Crie uma nova partição (fat32 se perguntar) no espaço não utilizado.
Lembre-se também de tentar evitar mover o lado esquerdo de um sistema de arquivos. Isso pode levar horas para ser concluído, enquanto mover o lado direito deve levar alguns minutos no máximo.