Excel e CSVs não se dão bem. Mexe constantemente com a formatação e de outras maneiras que você não quer (ou espera!). Ao editar em massa arquivos CSV que precisam manter um determinado formato para um banco de dados, às vezes utilizarei o Notepad ++ e o regex.
Se você não sabe o que é regex, use uma ferramenta que serve para editar arquivos CSV, como este: link
Ele salvará você das dores de cabeça do Excel + CSV.