Não tenho certeza se você pode fazer isso com o arquivo em lote, mas há uma linguagem de script de terceiros que se encaixa na sua tarefa. O programa é chamado AutoIT. Você pode incluir seu script em lote no AutoIT e, em seguida, pressionar y com autoit.
Se a janela de comando tiver um nome específico quando aguarde a entrada, é fácil fazer com autoit. Você pode verificar o nome ou título da janela cmd e depois pressionar y ou n. Também deve ser possível de diferentes maneiras.