Rápido e sujo: bifurque o comando de desligamento adicionando um e comercial &
após o comando e saia da sessão de terminal no script. Veja por exemplo 1 , 2 , ou qualquer tutorial sobre a sintaxe do script de shell.
Menos hacky: procure soluções que permitam administrar vários hosts simultaneamente, além de iniciar o processo único do PuTTY para se conectar a cada um deles. Veja por exemplo Linux - Executando o mesmo comando em muitas máquinas de uma vez .