Veja Necessidade de mudar Eclipse JRE para OS X 10.10 Yosemite ou Local de instalação do Java JRE Mac OS X 10.10 Yosemite ou É necessário alterar o Eclipse JRE para o OS X 10.10 Yosemite procedimentos para obter o seu JRE visto pelo Eclipse.
Pelo que entendi, você deve estar usando este Java: Java para OS X 2014-001 . Um antigo Apple JRE 1.6 para Lion / Mavericks supostamente não funcionará no Yosemite, mas sem tentar isso poderia ser um boato.