A opção --sync era exatamente o que eu procurava!
No entanto, a opção --sync existe apenas em um determinado conjunto de comandos get ou de pesquisa.
A solução acabou por ser: xdotool getwindowfocus windowfocus --sync type [email protected]
O que está acontecendo aqui é que primeiro obtemos a janela que está focada, via getwindowfocus ( getactivewindow é uma alternativa se a outra não funcionar).
Tudo o que estamos fazendo de maneira diferente é obter a janela ativa e configurá-la para a mesma coisa. A principal diferença é a presença da opção --sync , que força xdotool a esperar até que o comando anterior seja aplicado.
Assim, garantimos que estamos focados em uma determinada janela e poderemos digitar comandos.