Isso porque você instalou o jayatana que habilita o suporte global de menu para aplicativos Java Swing no Ubuntu. Existem algumas maneiras de fazer isso:
Opção 1: remover jayatana package
sudo apt-get remove jayatana
Se você não precisa de suporte global de menu para aplicativos Java Swing, você pode simplesmente remover o pacote. A remoção do pacote não causará mais danos do que fazer com que os menus de aplicativos baseados no Java swing, como eclipse e intellij, voltem para dentro da janela do aplicativo.
Opção 2: remover apenas a mensagem irritante
sudo rm /usr/share/upstart/sessions/jayatana.conf
Isso removerá a configuração de inicialização automática do Jayatana e você não verá a mensagem irritante de sempre. Novamente, isso desativará o suporte global de menu dos aplicativos Java Swing.
Se você ainda quiser ativar o suporte global do menu sem receber a mensagem, consulte esta página. Em resumo:
Para IntelliJ IDEA & amp; Android Studio:
#For 32-bit Ubuntu, assuming Android studio is installed in /opt/android-studio/
sudo gedit /opt/android-studio/bin/studio.vmoptions
# For 64-bit Ubuntu, assuming Android studio is installed in /opt/android-studio/
sudo gedit /opt/android-studio/bin/studio64.vmoptions
No final do arquivo aberto, adicione a seguinte linha e salve o arquivo.
-javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar
Para o NetBeans:
Supondo que o NetBeans está instalado em /usr/local/netbeans-8.0.2
sudo gedit /usr/local/netbeans-8.0.2/etc/netbeans.conf
Pesquise netbeans_default_options no arquivo aberto e adicione a seguinte declaração no final do valor existente (Observe que as opções estão separadas por espaço) e feche-a.
-J-javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar