O RDP é criptografado, por isso não tenho certeza de que você terá muito mais segurança adicionando uma VPN no mix. O que você está descrevendo é semelhante a um host bastion que você coloca entre você e os hosts em seu VPC. É uma configuração comum e bem documentada on-line.
A sub-rede privada x pública é mais um detalhe de implementação que por si só não adiciona muita segurança, tudo depende da sua configuração.
Se você vai ter apenas um único host, eu não vou me esforçar para montar um bastião, pois será mais para pagar e manter mais. Você pode obter o mesmo nível de segurança com grupos de segurança IMO.