Eu proponho uma solução usando o ifconfig
sudo ifconfig wlan0 down
Eu chamo este comando apenas depois de ligar o WiFi do applet gnome (antes que ele se conecte a qualquer rede), caso contrário o gnome se confunde. Desta forma, vê apenas um WiFi conectado (o USB). O PCI Wifi ainda está 'ligado' no applet, mas 'não está conectado'.
você pode olhar para este link para mais soltions, eu não tentei.