Não acredito que exista uma maneira de configurar o que você está chamando de "sincronização unidirecional" de marcadores. Talvez a melhor solução para você seja não usar a sincronização e copiar manualmente os marcadores que deseja compartilhar nas máquinas.
Eu não enfrentei o problema que você está descrevendo com o Google Chrome que está excluindo os favoritos. Na verdade, eu achei o problema inverso, que o Chrome Sync ocasionalmente parece duplicar os favoritos, então acabo com 7 cópias do mesmo indicador.