É um comportamento normal. Bem mais ou menos. Tenha cuidado com relação ao NTFS. Essas partições tendem a ser montadas como executáveis, tornando todos os arquivos ... executáveis.
Este one-liner removerá o executável do .txt do diretório que você o executa:
find . -type f -iname "*.txt" -exec chmod -x {} \;
Quando um arquivo de texto tem permissões executáveis definidas ou é reconhecido como executável, geralmente ele pedirá que ele seja executado ou seja exibido.
O Nautilus também possui uma configuração para isso em "Editar" "preferências" "Comportamento". Caja tem a mesma opção (embora eu não tenha encontrado uma imagem para Caja) .