Há quanto tempo você re-instala o Windows? Não demorou muito para se fragmentar.
Eu uso UltraDefrag (opensource) em 32 & Máquinas de 64 bits para muito bom efeito. O download é do Sourceforge - você pode confiar totalmente nele.
Ele pode desfragmentar a pasta Windows System32 ao inicializar e fazer uma Otimização Total / Otimização Rápida de qualquer unidade, partição ou pasta manualmente. A instalação inclui um sistema de ajuda razoável.
Pode ou não resolver o seu problema, mas ainda é um complemento útil do Windows, muito superior ao utilitário de desfragmentação incorporado.
Isenção de responsabilidade: não tenho afiliação com os desenvolvedores. Eu só recomendo: -)
Atenciosamente,
dkp