xinput list-props 9 , em que 9 é o ID do dispositivo, mostra a propriedade "Evdev Scrolling Distance" , que foi definida como 1 1 1 por padrão.
Eu resolvi o problema com o seguinte comando, que define o primeiro número para um mais alto e torna a roda de rolagem menos sensível
xinput set-prop 9 "Evdev Scrolling Distance" 3 1 1