Se o md5checksum fizer check-out, presumo que seja seguro continuar. Pode ser o USB que pode estar com defeito.
Possível método para confirmar: baixar novamente o ISO e gravá-lo novamente para este e outro USB ou até mesmo usar outra máquina e gravá-la nesse e em outro USB. E volte a verificar para o md5sum e para erros.
Existe uma maneira de ver quais são os dois arquivos de defeitos?
Eu ainda não vi um (mas gostaria de ser provado errado;))
O comando é executado
linux /casper/vmlinuz boot=casper integrity-check
iso-scan/filename=${iso_path} quiet splash --
Deve ser possível executar o integrity-check iso-scan/filename=${iso_path}
no seu ISO e ver se ele mostra alguma mensagem referente aos arquivos com erros.