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A coluna IO mostra a porcentagem do tempo de processo gasto na espera das operações de IO. Portanto, não está relacionado a um uso global do disco.
Você apontou nos comentários que seu disco está lendo em ~ 130 MB / s. Eu tenho um HD de 5400 RPM aqui e testei minha partição de sistema usando gnome-disks e não consegui mais do que 100 MB / s ao ler. Então, talvez seu disco não esteja conseguindo lidar com toda essa carga e é por isso que a consulta está lenta.