Eu mesmo consegui resolver isso:
sudo iptables -t nat -A PREROUTING -m mac --mac-source "MAC-ADDRESS" -p tcp --dport 80 -j REDIRECT --to-port 33128
O Squid está rodando na porta 33128. Eu tive que escrever isso no squid.conf para que o proxy transparente funcionasse corretamente:
http_port 33128 transparent