Aqui está uma solução que funcionou para mim.
Por exemplo:
avconv -ss 0 -i x.mp4 -t 180 -vcodec copy -acodec copy -metadata track="1" "Part I.mp4"
avconv -ss 180 -i x.mp4 -t 164 -vcodec copy -acodec copy -metadata track="2" "Part II.mp4"
avconv -ss 344 -i x.mp4 -t 185 -vcodec copy -acodec copy -metadata track="3" "Part III.mp4"
Eu tinha 50 entradas e as coloquei em um script juntas. Eu primeiro coloquei esqueletos como
avconv -ss -i x.mp4 -t -vcodec copy -acodec copy -metadata track=" " ".mp4"
Depois preenchi o -ss e coloquei os títulos. Depois disso, usei o libreoffice Calc com espaço como delimitador. Eu tenho os valores para -t e acompanhar com uma fórmula e arrastando.