A maneira mais fácil de fazer isso é primeiro remover o RAID do HDD, instalar o Windows 8 no seu SSD e criptografar com o TrueCrypt.
Remova o SSD e instale o RAID do HDD. Particione a unidade para 100 GB para sua segunda instalação do Windows 8. Deixe os 900GB sozinhos. Uma vez instalado, instale o TrueCrypt.
Conecte o SSD novamente.
Você pode então pressionar F8
(ou qualquer que seja a sua tecla de atalho para selecionar a unidade inicializável).
Depois de entrar no Windows, você pode iniciar o TruCrypt e selecionar sua partição de 900 GB para criptografar. É útil notar que, se você fizer a frase-senha do 900GB da mesma forma que a senha do seu SSD, poderá habilitar a montagem automática desta unidade. No entanto, você precisaria montar manualmente a unidade em seu HDD RAID a cada inicialização.
Eu não me preocuparia com o Fast Boot tanto quanto com a hibernação / sono (se eles não são a mesma coisa, honestamente não tenho certeza). Hibernar o seu computador ou colocá-lo para dormir pode deixá-lo aberto para ataques se alguém tiver acesso físico ao seu computador.