Você consegue conectar fisicamente os dois discos rígidos na mesma máquina? Se assim for, ótimo, os passos são fáceis. Vou descrever cada um deles, e você pode pedir detalhes para cada um se não tiver certeza sobre eles.
1 - Conecte a nova unidade, desconecte a antiga. Instale o Windows do DVD como você faria em uma máquina limpa e nova.
2 - Quando o Windows estiver instalado e funcionando bem, desligue e conecte o disco rígido antigo.
3 - Inicialize usando o Live CD do Ubuntu
4 - Inicie o gparted , reduza a partição do Windows para liberar espaço para o Ubuntu. Sugiro encolher para o tamanho mínimo mais aproximadamente 15 / 20GB. Crie uma partição estendida para ocupar todo o espaço restante
5 - Copie a partição do Ubuntu da unidade antiga para a nova, dentro da partição estendida. Copie a partição swap também, se você tiver uma. Sim, o gparted pode copiar e colar partições de uma unidade para outra;)
6 - Você pode redimensionar a partição do Ubuntu em alguns shows, mas eu sugiro deixar espaço para uma nova partição de "dados" NTFS, que no futuro pode ser usada por ambos os sistemas para armazenar suas músicas, vídeos, documentos, downloads etc.
6.5 - Além disso, se você ainda não tem uma partição swap , crie ou deixe espaço para uma. O tamanho deve ser pelo menos igual à sua RAM, para ativar a hibernação.
7 - Agora você deve ter essas partições: duas primárias criadas pelo Windows (uma de 100 MB e a outra abreviada, ~ 30 GB), uma partição estendida ocupando o restante do disco, a partição lógica do Ubuntu dentro dela (~ 30GB também), o swap, e um lote de espaço livre (ou sua partição de "dados" NTFS recém-criada). Etiquete essas partições de acordo, por isso é fácil diferenciá-las.
8 - Desligue, desconecte o disco rígido antigo, reinicialize novamente usando o Live CD do Ubuntu
9 - Siga estas instruções para reinstalar o grub e fazer o boot do Ubuntu novamente
10 - Feito! : -)
Algumas observações, tiradas dos comentários, para que não pareçam uma janela de conversa:
Se ao invés de manter a mesma instalação você quer mudar de 32 para 64 bits, dentro da mesma versão do Ubuntu , você pode simplesmente instalar o Ubuntu 64 em cima do 32 (basta selecionar o mesmo partição), e a instalação manterá seu / home, configurações e pacotes. E você nem precisa fazer backup: você já tem sua unidade antiga como uma;)
Se estiver atualizando a versão, consideraria formatar a partição e esquecer a restauração de configurações e aplicativos. Como as configurações de um aplicativo antigo podem não se aplicar a uma versão mais recente do mesmo aplicativo. Mesmo a seleção de software é confusa: alguns pacotes são obsoletos / renomeados / não são necessários em versões mais recentes, portanto, não vale a pena. Basta abrir o Centro de Software e instalar manualmente os aplicativos desejados.
Nesse caso, vale a pena manter seus arquivos de dados "independentes do SO" (Música, Vídeos, Documentos, etc.) em uma partição separada, para que "suas coisas" estejam sempre disponíveis, independentemente da versão do Windows ou Ubuntu instalada .