Você pode usar a ferramenta de uso de disco do Microsoft / SystInterals.
Sessão de amostra:
C:\>du -q c:\temp
Files: 1261
Directories: 43
Size: 542.563.458 bytes
Size on disk: 542.563.458 bytes
Um trecho de um script * .CMD mostra como chamar primeiro o DU.exe e depois extrair a quarta linha e as informações de tamanho contidas:
set DIR=c:\somepath
for /F "skip=3 tokens=4,5,6 delims=. " %%i IN ('du.exe -q %DIR%') do @call :doit %%i%%j%%k
É um pouco complicado comparar números em um script CMD. Talvez seja melhor escrever um pequeno programa para isso, que também poderia emitir o aviso.