No caso geral, você pode interromper (suspender um processo ou grupo de processos conforme abaixo):
Control-Z é o kill pidnumber -SIGSTOP
para continuar:
kill pidnumber -SIGCONT
Como alternativa, suspender todo um grupo de processos:
kill -groupnumber -SIGSTOP
e kill -groupnumber -SIGCONT
É claro que, se você suspender um processo com algum elemento que seja cronometrado, talvez ele não continue corretamente. No caso de uso mencionado, o servidor de repositório é reconhecimento de transferência de dados de tempo, ele pode interromper a transferência porque o seu cliente foi 'embora' ou diminuiu a velocidade porque há 'congestionamento de rede'.
Eu certamente não suspenderia o gerenciador de atualização enquanto ele atualizava meus pacotes.