Você pode enviar um sinal de eliminação regular para todas as instâncias do aplicativo de leitura de PDF.
Primeiro, identifique o nome do seu aplicativo. Para o leitor de PDF padrão do GNOME é evince , para o KDE isso é okular . Agora, mate todos os processos que você possui usando pkill , assim:
pkill -u gert evince
Para eliminar todos os processos evince de minha propriedade ( gert ).