Para que o Network Manager use o dispositivo USB, descubra o que o driver é para sua lista interna e negra. Aprenda o driver com:
sudo lshw -C network
Por exemplo, na minha máquina, vejo:
*-network
description: Wireless interface
product: Centrino Advanced-N 6200
vendor: Intel Corporation
<snip> driver=iwlwifi driverversion=3.5.0-25-generic firmware=9.221.4.1 <snip>
Então, se eu quisesse desativar o meu interno, eu colocaria a lista negra do iwlwifi.
sudo su
echo "blacklist iwlwifi" >> /etc/modprobe.d/blacklist.conf
modprobe -r iwlwifi
exit
O USB, usando o driver embutido rt2800usb, deve funcionar bem.
É claro que, se o funcionamento interno não estiver funcionando como esperado, poderemos solucionar o problema.