Contanto que você só use raramente:)
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Você parece ter feito outras coisas até agora.
Em termos de sua configuração, não vejo por que você precisaria criar esse tipo de configuração. Se você instalar o Windows no SSD, cada programa subseqüente que você instalar poderá ser direcionado para outro HD durante a instalação, sem nenhum ajuste de registro.
Eu sugeriria reinstalar e fazer uma configuração mais limpa. Alguns programas devem ser instalados no SSD também para aproveitar ao máximo.