Este problema foi aparentemente causado por um conflito entre o meu software de backup (Spideroak) e o TortoiseSVN, e apareceu pela primeira vez imediatamente após a atualização do Win8 para o Win8.1. Para qualquer um que tenha o mesmo problema, clique na configuração Preferências do Spideroak, desmarque a opção "Exibir ícones de sobreposição de arquivos e pastas" e reinicie o computador.