Se a saída é esperada para ser principalmente ASCII, você pode simplesmente excluir os NULs com
tr -d 'tr -d '%pre%'
'
Você provavelmente poderia tentar ver se $ LANG pode ser definido para um código de idioma UTF-16, mas não tenho certeza e não tenho uma instalação do cygwin para experimentá-lo; caso contrário, você pode usar iconv (1) para fazer a conversão, definir $ LANG para algum valor sane (ou seja, um locale utf8) e desfrutar.