Veja um trecho da documentação do Apache oficial:
Se várias seções de diretório (expressão não regular) corresponderem às diretório (ou um de seus pais) contendo um documento, então o diretivas são aplicadas na ordem de menor correspondência primeiro, intercalados com as diretivas dos arquivos .htaccess. Para exemplo, com
<Directory /> AllowOverride None </Directory> <Directory /home> AllowOverride FileInfo </Directory>
para acesso ao documento /home/web/dir/doc.html as etapas são:
Apply directive AllowOverride None (disabling .htaccess files). Apply directive AllowOverride FileInfo (for directory /home). Apply any FileInfo directives in /home/.htaccess, /home/web/.htaccess and /home/web/dir/.htaccess in that order.
Ou seja. A diretiva Directory /
define "defaults" para todos os outros diretórios, que podem ser substituídos por cada diretório específico
No seu caso, ambas as versões que você está mostrando devem ser equivalentes, a menos que você tenha outras diretrizes do Diretório.