Tente mover uma pasta do Ubuntu para a unidade D e, em seguida, execute este comando em cmd
mklink /D C:\path\to\where\ubuntuone\expects\folder D:\path\to\where\folder\really\is
Isso deve fazer um link simbólico para a pasta do Ubuntu. Como eu noto, é também assim que eu movo meus jogos a vapor para separar partições.