Esses são parte da instalação da área de trabalho. A área de trabalho da área de trabalho tem esta aparência:
Imagem antiga da web. Os diretórios www e node são extra na imagem
Algumas informações extras podem ajudar a identificar de onde elas vieram. Os diretórios criados são provavelmente de
cat /etc/xdg/user-dirs.defaults
# Default settings for user directories
#
# The values are relative pathnames from the home directory and
# will be translated on a per-path-element basis into the users locale
DESKTOP=Desktop
DOWNLOAD=Downloads
TEMPLATES=Templates
PUBLICSHARE=Public
DOCUMENTS=Documents
MUSIC=Music
PICTURES=Pictures
VIDEOS=Videos
# Another alternative is:
#MUSIC=Documents/Music
#PICTURES=Documents/Pictures
#VIDEOS=Documents/Videos
Mais informações em freedesktop.org
A menos que você tenha instalado o desktop gnome naquele servidor (mas aposto que você se lembraria disso), você pode ter tocado em um pacote com xdg
no nome.