Isto é um pouco de suposição.
Sem uma descrição mais detalhada do que acontece exatamente quando você liga o computador, não posso ser mais específico.
Presumo que, no seu caso, o CD começa a arrancar.
Você recebe a mensagem 'Pressione qualquer tecla para continuar a inicialização do CD' e você não pressiona nada.
Após o tempo limite (cerca de 10 segundos), a inicialização normal do disco rígido é iniciada.
Parece que você alterou a ordem em que o BIOS tenta de qual dispositivo o computador pode inicializar.
Em alguns computadores, se o CD tiver prioridade sobre o disco rígido, é necessário que um CD inicializável esteja presente.
Também pode ser que você tenha removido o disco rígido da lista de dispositivos inicializáveis. (Isso não impedirá que o CD transfira o controle para o disco rígido, apenas impede que o disco rígido inicialize sem ajuda.)
Eu verificaria as configurações da BIOS relacionadas aos dispositivos de inicialização. Algo parece estar duvidoso.