psexec -i 2 -d \Server -u Domain\Username -p Password c:\Path\to\file.bat
Eu tenho medo de não ter certeza do porque isso funciona, mas depois de ter visto isso ontem, essa foi a minha solução - o "-i 2", presumivelmente, mudando o tipo de interação que o psexec tem com a máquina remota. Caso contrário, o cmd será executado como um processo em segundo plano.