Meu palpite é que você vê esse comportamento apenas para alguns documentos, certo?
Nesse caso, acho que você vê a saída de uma versão antiga do LaTeX com fontes de bitmap LaTeX padrão. Eu encontrei o documento que você está mostrando e as fontes são sem alias também no meu sistema - embora eu saiba que os documentos regulares parecem perfeitos. Também é sem alias no Windows, então lá.