Não há nada que você possa fazer além de reclamar com todos que você conhece. Adobe finge que o problema não existe. Eles culpam os sites por configurações incorretas.
Quem, no seu perfeito juízo, desenvolve software que intencionalmente permite que os desenvolvedores configurem seu software de maneira a causar superaquecimento. Até mesmo a versão beta do Flash Player 11.5 continua com o problema. Isso acontece no Windows também; isso acontece no IE9, no Chrome e no Firefox.
Seria bom se houvesse algum lugar em que todos afetados por esse problema pudessem protestar em conjunto contra a irresponsabilidade da Adobe.
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Além disso, instale um programa que mostre o seu computador temp e pause o Flash até que a temperatura inicie. É uma ajuda temporária, mas pelo menos evita o desligamento do computador ou, pior ainda, um incêndio.