Parece que você precisa de um sistema de controle de versão distribuído. Também parece que seus usuários podem não ter conhecimentos técnicos suficientes para usar um. Se você estiver no Windows, talvez consiga usar algo como o Git + TortoiseGit . No entanto, somente você saberá se os usuários e os arquivos em que eles trabalham poderão lidar com conflitos e executar a ação necessária e, em seguida, enviar as operações do repositório local para o "mestre" do Dropbox.
Uma ressalva é que, se seus arquivos de projeto forem muito grandes e em formato binário, o DVCS provavelmente não é o caminho a seguir. Parece que os arquivos podem ser grandes devido ao seu comentário sobre a perda de gigabytes de dados.
Você receberá uma resposta melhor se adicionar mais alguns detalhes. Por exemplo, qual programa CAD você está usando? Quais são os tamanhos e formatos de arquivo típicos? Com que frequência os usuários estão tentando editar o mesmo arquivo?