"1394" será uma conexão para os soquetes FireWire (IEEE-1394) no painel frontal. Você pode ou não ter esse cabeçalho na sua placa-mãe; se assim for, deve ser identificado no manual da placa-mãe.
"AAFP" é quase certamente o conector de áudio do painel frontal da placa-mãe, caso em que a conexão HD Audio deve ser conectada lá. Contudo! Existem dois padrões diferentes para o áudio do painel frontal, um sendo "HD Audio" e o outro sendo AC '97, cuja pinagem é diferente. Verifique sua placa-mãe e documentação do BIOS; seu dispositivo de áudio onboard pode oferecer a capacidade de escolher entre as duas opções, e você desejará ter certeza de ter selecionado aquela cuja pinagem corresponde àquela esperada pelo painel frontal. (Verifique o manual do gabinete para ver qual deles é e escolha a opção relevante na configuração do BIOS. Se a placa-mãe só pode usar a pinagem HD Audio, mas o painel frontal espera AC '97, é melhor não conectar De qualquer forma, como o IIRC, os pinouts não são compatíveis e podem resultar em danos à placa-mãe ou a dispositivos de áudio conectados ao painel frontal.
Atualização: Recentemente, criei uma máquina em um gabinete HAF XM da Cooler Master e, pelo que me lembro, havia conectores de áudio no painel frontal para HD e AC '97. Se o seu caso é tão semelhante ao meu como parece ser, então você pode achar que tem ambas as opções disponíveis para você também, e nesse caso é uma simples questão de identificar e conectar o apropriado para sua placa-mãe, ou de sua escolha se a placa-mãe suporta ambas as opções.