O Skype não usa a funcionalidade de indicador padrão de applet no Natty para mostrar seu ícone.
Em vez disso, ele requer o antigo Applet de área de notificação (clique com o botão direito do mouse no painel e em "Adicionar ao painel") para que funcione corretamente.
Você pode verificar que este applet está sendo executado, executando o seguinte comando em uma janela de terminal:
killall -9 "notification-area-applet"
Se ele responder com uma mensagem de erro "notificação-área-applet: nenhum processo encontrado", o applet não está sendo executado (ou seja, não foi adicionado ao painel do gnome)