Você pode alterar todas as configurações do IIS na linha de comando, até mesmo algumas coisas que você não pode alterar na GUI.
Existem várias opções, você pode usar os objetos COM, appcmd.exe nos scripts do WSH ou nos próprios programas ou cmdlets IIS do PowerShell.
Existem muitos exemplos por aí, um bom ponto de partida é www.iis.net , eles têm um seção de referência com muitos exemplos. Você também pode usar o editor de configuração no 'Gerenciador do IIS' que oferece para gerar um script para qualquer alteração feita nele. Basta copiar o script no seu arquivo de lote.
Para ativar o ASP.NET, talvez seja necessário pesquisar
C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v4.0.30319\aspnet_regiis.exe -?