Você pode querer olhar para HORM (Hibernate Once Resume Many) . Foi um recurso que foi adicionado ao Windows XP Embedded SP2 em 2004 ...
A ideia é basicamente que você coloque sua máquina em um estado que funcione bem para você e hiberne. Então, você sempre inicializa / reinicia a máquina nesse arquivo de hibernação. A desvantagem é que você não retoma arquivos não salvos. A vantagem é que você inicializa mais rápido para todos os programas e pronto que você usa.
Não estou ignorando seu desejo de separar os programas do sistema operacional, mas considerando que alguns desses programas não são, de forma alguma, executados independentemente do sistema operacional, não é possível separá-los do SO para reinicie apenas o sistema operacional. Na verdade, é apenas uma questão de mudar a maneira como você pensa para que você faça começar a salvar até mesmo os pequenos arquivos temporários de anotações que você diz não precisarem ser salvos.
Se você configurá-lo corretamente ... o que significa padronizar alguns nomes para esses pequenos arquivos temporários, ter os programas funcionando com esses modelos e abrir, e fazer o seu hiberfil.sys a partir disso ... você seria perto de onde você quer estar.