Você pode usar o utilitário de linha de comando xsetwacom .
Deve ser instalado por padrão.
Exemplo: use xsetwacom --list devices para obter a lista de dispositivos.
xsetwacom --set <device here> button1 2
Definiria o botão 1 em qualquer dispositivo para o botão 2 ou clique com o botão direito do mouse.
Explore os outros sinalizadores para xsetwacom com man xsetwacom .
Experimente xsetwacom --get <option here> para ver quais opções ou mapeamentos de teclas estão disponíveis.