Se não houver como alterar seus diretórios (duvido), faça-os em algum outro lugar e coloque links simbólicos com os nomes necessários em sua casa. Por exemplo, se ele cria ~ / .foo, e você anexou algum armazenamento externo como / ext, faça /ext/.foo e faça symlink ~ / .foo - > /ext/.foo. Isso será suficiente para > 99,9% dessas ferramentas.
Claro que você deve ter algum armazenamento externo para isso. Se o seu laptop for moderno o suficiente, o mais simples é o disco rígido conectado via USB.
Muitas ferramentas também permitem alterar seus diretórios através de variáveis de ambiente, isso deve ser descrito em sua documentação.