Se você instalar o sistema de inicialização em sua segunda unidade ou outra que não a primeira (a inicialização do Windows), o sistema inicializará com o Windows e você poderá adicionar facilmente o ubuntu ao menu de inicialização com EasyBCD
.
Eu tenho medo que se você quiser instalar o ubuntu em sua segunda partição você tem que mudar seu formato para ext4
e o windows não reconhece este formato e talvez você não possa acessar as partições depois da segunda partição (terceiro ou quarto ou ...) no Windows.