Sobre o assunto das extensões:
As extensões substituem o esquema de mapeamento de bloco tradicional usado pelo ext2 / 3 sistemas de arquivos. Uma extensão é uma gama de blocos físicos contíguos, melhorando o desempenho de arquivos grandes e reduzindo a fragmentação. Um único extensão em ext4 pode mapear até 128 MiB de espaço contíguo com 4 KiB tamanho do bloco.
(de wikipedia )
128 Mb por extensão fornece aproximadamente 4 extensões por arquivo de 500 MB para o melhor cenário possível. Seus arquivos "mais fragmentados" estão no intervalo de tamanho de 5 Gb? Além disso, isso não significa necessariamente que você tenha muitas regiões não contínuas ... extensões podem se seguir no disco.
Acredito que a fragmentação é um problema quando você tem milhares de regiões não contínuas, cada uma com alguns kilobytes de tamanho. Se suas extensões tiverem dezenas ou centenas de megabytes de tamanho, qualquer efeito no desempenho será insignificante. Relaxe.