Os serviços são executados na inicialização (ou próxima) - dependendo do modo de inicialização "na inicialização" ou "inicialização atrasada".
O MSConfig combina as partes "Todos os usuários" e "usuário logado" dos itens de inicialização (Pastas de inicialização e chaves reg) em uma única lista. Então a lista que você vê será diferente da de outro usuário.