Você pode ignorar com segurança a mensagem "Por favor, adicione ...". É benigno.
O bit importante é a última mensagem. Confirme se /usr/share/aclocal/intltool.m4 existe e se o diretório local m4 existe.
Como um aparte, é incomum rodar o autogen.sh com o sudo, embora isso não deva criar um problema. Você apenas terá que também executar make sob o sudo.