Bem, uma solução simples seria primeiro deixar o sistema gravar as configurações e depois sobrescrevê-las você mesmo;)
Então, você deve adicionar ao seu comando um tempo limite no início, de modo a permitir que o sistema faça o que ele precisa fazer, e então você deve sobrescrever essas configurações. Este deve ser o seu comando:
bash -c 'sleep 10 && xcalib -gc 1.2 monitor-profile.icc'
Isso vai esperar 10 segundos no começo (você pode precisar ajustar esse tempo limite de acordo com suas necessidades) e então ele executará seu comando.
Como resultado, você sobrescreverá o que o sistema escreveu e não o contrário.