Dois pensamentos:
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Primeira regra do Cygwin Club: quando você recebe erros estranhos, rebase antes de qualquer outra coisa. (Eu odeio regras de magia negra como essa, mas esta funciona muito frequentemente para ignorar).
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Se isso não fizer nada (igualmente provável), e você realmente acreditar que é relacionado ao heap, você pode mexa com o heap usando o utilitário
peflags