Tim,
Evince exibe os números das páginas entre parênteses com base na seqüência lógica / real das páginas; ou seja, os números de página reais, se você usou apenas 1 - n (em vez de i, ii, iii, 1).
Os números na caixa de entrada são os números (ou "nome") dados à página. Por exemplo i, ii e assim por diante.
Este é um problema com qualquer tipo de documento / leitor que usa uma numeração mista ou após a primeira página real.